Los restos más antiguos, relacionados con actividades humanas, se remontan al final de la prehistoria.

De este periodo encontramos en el término municipal varios yacimientos arqueológicos: Pedriñal (Eneolítico), El Bocal (Bronce final) y El Castellar (Hierro II).

Para documentar la existencia de Fontellas como núcleo de población  debemos esperar al dominio musulmán.

En el siglo XII pasó a poder de los cristianos al conquistar Alfonso el Batallador la ciudad de Tudela (1119).

Durante la Edad Media la villa de Fontellas fue un lugar de señorío (salvo breves periodos en los que se incorporó al patrimonio de la Corona) y permaneció en esta situación hasta la desaparición del régimen señorial, a mediados del siglo XIX

El señorío de Fontellas se incorporó al linaje de los Peralta en 1438. A comienzos del siglo XVI pasó al linaje de los Gante, permaneciendo vinculado a esta familia hasta finales del siglo XIX. El 10 de abril de 1793, Carlos IV concedió a D. José Joaquín Díaz de Medrano el título de marqués de Fontellas.

Posteriormente la villa pasó a la familia Cavero, del linaje de los condes de Sobradiel. El 7 de febrero de 1898, la reina regente, Dª María Cristina de Austria, concedió a D. Joaquín Cavero Sichar el título de conde de Gabarda.

La extinción del régimen señorial no modificó el régimen de propiedad, ya que las tierras y casas del término siguieron siendo propiedad de los condes. Esta situación se mantuvo hasta mediados del siglo XX. En 1953 la Diputación compró al conde de Gabarda 2.000 robadas de regadío y años después 5.200 de secano, distribuyéndolas en lotes o patrimonios familiares.

El antiguo palacio de este lugar aparecía como de cabo de armería en las relaciones oficiales del Reino.